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As origens do município têm a ver com o Programa de Integração Nacional/PIN, instituído no ano de 1970 e implantado, a partir de 1971, pelo Governo Federal. O objetivo do PIN era o de desenvolver um grande programa de colonização dirigida na Amazônia, trazendo trabalhadores sem terra de diversos pontos do Brasil, em especial, do Nordeste. A Rodovia Transamazônica se constituía no eixo ordenador de todo o Programa e, no Pará, os trechos Marabá-Altamira e Altamira-Itaituba foram objeto de planejamento e investimentos especiais.
No trecho da Rodovia Transamazônica, situado entre Altamira e Itaituba, deveriam ser construídas agrovilas (conjunto de 48 ou 64 lotes urbanos, com igual número de casas, instaladas no espaço de 100 ha; tais casas estavam destinadas aos colonos assentados no local, os quais recebiam, também, lotes rurais, onde desenvolveriam suas atividades econômicas). Cada agrovila deveria contar com os serviços de uma escola de 1o. Grau, uma igreja ecumênica, um posto médico e, em alguns casos, um armazém para produtos agrícolas.
Também fazia parte do Programa a construção de agrópolis: reunião de agrovilas, cuja polarização se dava em torno de um núcleo de serviços urbanos. Além dos serviços de agrovila, a agrópolis teriam um posto de serviços bancários, correios telefones, escola de 2º. Grau, etc.
O objetivo da agrópolis era atender à demanda de todas as agrovilas, situadas em determinado trecho da Transamazônica. Na verdade, foram implantadas agrovilas, porém, apenas uma agrópolis – a Brasil Novo, no Km 46 do trecho Altamira-Itaituba. Finalmente, o Programa previa a construção de Rurópolis, um conjunto de agrópolis. Na prática, foi construída apenas uma Rurópolis – a Presidente Médici. Medicilândia teve origem na agrovila que foi instalada no Km 90 da rodovia, no trecho situado entre Altamira e Itaituba.
O desenvolvimento da agrovila e, finalmente, sua transformação em município, se deveu a vários fatores, dentre os quais se destacam a fertilidade dos solos nesses trechos, do que resultou o dinamismo do setor agrícola da área. Outro elemento propulsor do desenvolvimento foi a implantação do projeto canavieiro, do qual fazia parte uma usina de beneficiamento de cana-de-açúcar: o Projeto Abranham Lincoln (Projeto PACAL).
O núcleo urbano surgiu, quando determinado colono, cujo lote se situa exatamente de frente para a estrada, resolveu instalar um serviço de bar e um pequeno restaurante, que acabaram servindo de ponto de apoio para caminhões e ônibus que circulavam naquele trecho. Com a implantação do projeto da usina e a implantação do projeto da usina e a plantação de cana de açúcar, houve necessidade de mão-de-obra para desmatamentos, roçagem, plantio, obras, construção civil da usina e outros, o que atraiu populações que buscavam trabalho e que pousavam naquele lugar, enquanto aguardavam oportunidade de emprego. Novos serviços foram sendo, paulatinamente, demandados, sendo construídos pequenos restaurantes, dormitórios, postos de gasolina, etc.
O crescimento desordenado do núcleo urbano de Medicilândia e a falta de assistência municipal por parte de Prainha, devido à distância do município para a localidade, fizeram com que seus moradores, por volta de 1975, iniciassem a luta pela emancipação do município.
Em 6 de maio de 1988, através da Lei nº 5.438, no governo de Hélio Mota Gueiros, Medicilândia foi elevada à categoria de Município, com sede de vila de Medicilândia, que passou à categoria de cidade, com a mesma denominação. Sua instalação aconteceu em 1º de janeiro de 1989, com a posse do Prefeito Francisco Aguiar Silveira, eleito em 15 de novembro de 1988.
O nome Medicilândia foi escolhido em homenagem a Emílio Garrastazu Médici, presidente da República na época da instalação do PIN. O Município é constituído somente do distrito sede.
